在武士急剧衰落但还一息尚存，而忍者已经崛起并蓬勃发展的时代，世界并不太平，残酷的杀戮时时发生，而更大的罪恶还在酝酿。在惨烈漫长的战国时代即将到来之际，三个婴儿出生于大战前夕，并阴差阳错的纠葛在乱世，成了莫逆之交。宇智波、千手、以及漩涡与日向的混血，三个天赋异禀的天才忍者在乱世中崛起，在磨砺中不断变强、成长。而在战国中出生，身具宇智波与漩涡二族血脉，拥有尾兽和仙术之力的新世代鬼才忍者亦横空出世，成为